A equipe que hoje tem o nome oficial de Honda Racing Team surgiu de um contrato da empresa com a escuderia BAR (British American Racing), em 1999, para o fornecimento dos motores e também para o desenvolvimento dos chassis. Entretanto, a história da Honda na Fórmula 1 surgiu em 1963, três anos depois do lançamento do primeiro carro da fábrica. A decisão do fundador e presidente da empresa, Soichiro Honda, de participar da categoria principal do automobilismo, foi recebida com surpresa até por seus próprios mecânicos; Honda, entretanto, acreditava tanto no potencial de seus carros que trabalhou, ele próprio, lado a lado com os engenheiros para desenvolver seu F1.
O esforço compensou: o piloto americano Richie Ginther daria à Honda a sua primeira vitória no GP do México de 1965, e em 1967 foi a vez de John Surtees subir ao alto do pódio, no GP da Itália. Apesar do sucesso imediato, a partir de 1968 a equipe não conseguiu bons resultados e terminou deixando a F1 no final de 1969, obtendo dois sextos lugares, um quarto e um oitavo lugar no campeonato de construtores.
Em 1982, a Honda voltou ao circo da Fórmula 1 fornecendo seus motores à equipe Spirit. Entre 82 e 93, o nome da empresa virou sinônimo de vitória – seis campeonatos de construtores, cinco títulos de pilotos (um com Nélson Piquet, pela Williams, e três com Ayrton Senna e um com Alain Prost, pela McLaren) e 71 vitórias. No final de 93, a Honda decidiu retirar-se do automobilismo de competição.
No final de 99, a Honda retornou ao circo de vez ao fechar contrato com a BAR, e já em 2000, com o nome de BAR Honda, e com o canadense Jacques Villeneuve e o francês Olivier Panis formando a dupla de pilotos, a equipe obtém os primeiros resultados positivos e termina o campeonato empatada com a Benetton em número de pontos. Em 2001, Villeneuve conquista os primeiros pódios, mas isto não é suficiente para manter seu sócio e empresário Craig Pollock na direção da equipe e, com a chegada de David Richards em 2002, a BAR Honda obteve um trunfo importante – a exclusividade dos motores Honda, que até então eram também fornecidos à Jordan.
Durante os dois anos seguintes, constantes desentendimentos entre Jacques Villeneuve e David Richards culminaram na demissão do ex-campeão antes do final da temporada de 2003. O britânico Jenson Button, que havia substituído Olivier Panis no início do ano, assumiu a posição de primeiro piloto, tendo como companheiro o japonês Takuma Sato. Button, até então considerado uma promessa, mostrou que tinha verdadeiro talento: obteve vários pódios e a primeira pole position para a equipe, em Ímola. A performance de Button foi tão sensacional que levou a BAR Honda ao segundo lugar no campeonato de construtores, atrás apenas da toda-poderosa Ferrari.
Enquanto isso, nos bastidores, uma batalha se travava pelo contrato do jovem piloto entre a BAR Honda e a Williams, já para a temporada seguinte. O caso foi levado a julgamento pela FIA, que decidiu em favor da BAR Honda – Button só estaria liberado para correr pela Williams em 2006, o que terminou não acontecendo – seu contrato foi comprado por cerca de 30 milhões de dólares, e ele permanece na equipe até o momento.
No final de 2005, a Honda adquiriu os 55% de ações ainda pertencentes à BAT e assumiu o controle da equipe, mudando o nome oficial de BAR Honda para Honda Racing Team. Nick Fry substituiu David Richards como chefe de equipe, e, em 2006, o brasileiro Rubens Barrichello substituiu Takuma Sato. Jenson Button conquistoua primeira vitória da nova equipe, na Hungria. A Honda terminou a temporada em quarto lugar, com 86 pontos.
Em 2007, a Honda viveu o pior ano de sua história graças a um dos piores carros da história da Fórmula 1. Com a idéia de promover a consciência ecológica na categoria, a escuderia esqueceu de fazer aquilo para o qual foi criada e não conseguiu fazer o carro andar durante quase todo o Mundial. Apenas na França, na Itália e na China a equipe marcou pontos. Todos obtidos pelo piloto Jenson Button. Foram seis no total, graças à oitava colocação em Magny-Cours e Monza e ao quinto lugar em Xangai. No Campeonato de Construtores acabou em oitavo, acabando à frente apenas da Super Aguri e da Spyker.
BAR - A BAR surgiu em 1997, quando o empresário escocês Craig Pollock (então administrando a carreira de Jacques Villeneuve, campeão da temporada) convenceu os executivos da BAT – British American Tobacco – a comprar uma equipe de F1. A Tyrrell foi comprada durante a pré-temporada de 98, e competiu sob o antigo nome naquele ano. Pollock assumiu a direção da equipe e, usando de sua influência sobre Villeneuve, a quem assessorava desde os tempos da Fórmula Indy, persuadiu o piloto a deixar a Williams e desenvolver o novo carro, com o estreante brasileiro Ricardo Zonta completando a dupla.
Tinha tudo para dar certo – um campeão do mundo, um orçamento folgado, motores Supertec (fabricados pela Renault) e um patrocinador forte. Mas o campeonato de 1999 foi um verdadeiro desastre. Villeneuve abandonou 11 provas e a equipe não conseguiu marcar nenhum ponto. Pra piorar as coisas, Zonta sofreu um acidente e teve que ser substituído pelo finlandês Mika Salo. Em 2000, com os motores Honda, a equipe começou a mostrar resultados e em 2004 confirmou as expectativas com o segundo lugar no campeonato de construtores.